La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et employeurs.
La Présidence de Transitions Pro Bretagne est actuellement pilotée par Patrick Lescop, représentant MEDEF, et la vice-présidence par Emmanuelle Denoual, représentante FO.
Le réseau des 17 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.